孝宗仿古天子親耕籍田（古代天子、諸侯征用民力耕種的田。每逢春耕前,天子、諸侯躬耕藉田,以示對農(nóng)業(yè)的重視），教坊進(jìn)獻(xiàn)雜戲。文升嚴(yán)肅地說：“新任天子應(yīng)當(dāng)知道農(nóng)事的艱難，這些雜戲是什么意思？”就斥退了他們。第二年，擔(dān)任兵部尚書，仍像以前那樣督率團(tuán)營（明自土木之役后，京軍三大營——五軍﹑三千﹑神機(jī)——損失殆盡。景泰中，于謙從三營中選精兵十萬，分十營集中操練，稱為團(tuán)營。嘉靖時(shí)罷團(tuán)營，恢復(fù)舊制）。當(dāng)時(shí)天下持久太平、兵備荒廢松弛、西北部落少數(shù)民族時(shí)時(shí)伺機(jī)入侵。文升嚴(yán)格考查將校，貶退三十余個(gè)貪婪懦弱的軍官，奸人對他十分怨恨，夜間持弓等在他門旁，有的寫謗書射入東長安門內(nèi)。馬文升在兵部任職十三年，盡心軍務(wù)，對于屯田、馬政、邊備、守御等事務(wù)，他多次上書分條陳奏。只要是應(yīng)當(dāng)說明的國家大事，即使并非他的本職，也言無不盡，曾經(jīng)因?yàn)樘幽暌阉臍q，應(yīng)該及早進(jìn)行教育。文升請求挑選淳樸嚴(yán)謹(jǐn)、老成又熟悉歷史的人，教育扶持太子，對太子言語舉止都要正確引導(dǎo)。山東久旱無雨，浙江以及南畿發(fā)生水災(zāi)，馬文升奏請命有關(guān)部門救濟(jì)撫恤，操練士卒以備不測�；实鄱纪耆蛹{。他在朝班的行列中最為德高望重，皇帝也以誠相待十分信任他。諸大臣沒人敢有怨言。吏部尚書屠滽被罷免，倪岳取代了屠滽，倪岳去世，由馬文升代替倪岳任吏部尚書。南京、鳳陽發(fā)生大風(fēng)雨，房屋被毀壞，樹木被拔起，馬文升請求皇帝減少飲食撤去歌舞音樂，修養(yǎng)德行反省過失，開御前講席，斷絕游玩和宴飲，停辦并不緊急的事務(wù)，停止額外織造，賑濟(jì)災(zāi)民，捕捉盜賊。事后，文升又奏陳吏部主管的十件事。孝宗全都表示贊賞并接納之。正德年間，朝政已轉(zhuǎn)移到宦官手里，文升年老，接連上疏要求離開，皇帝答應(yīng)了。文升在家居住時(shí)，無事不去州府。外人談及時(shí)事，他總是皺著眉頭不回答。五年去世，終年八十五歲。文升有文武兩方面的才能，擅長應(yīng)變，朝廷中的大事往往要等他來做決定。他在邊疆建立功勛，外國都知道他的名聲。尤其看重氣節(jié)，砥礪操守（厲，同“礪”廉隅，棱角，比喻指方正的操守），行事堅(jiān)守正道。他去世一年后，大盜到了鈞州，因?yàn)轳R文升的家在此地，即放棄了那里離開了。